Nel secondo libro della trilogia, "La lama sottile" conosciamo Will Parry, un ragazzino che vive nella Oxford terresrte contemporanea. Will ha solo 12 anni, ma ha già le responsabilità di un adulto, poiché deve prendersi cura della madre, instabile di mente in seguito alla scomparsa del marito, John Parry, durante una spedizione nel Nord. Per proteggere la madre, Will accidentalmente uccide un uomo, introdottosi in casa per rubare alcune lettere di suo padre, ed è costretto a fuggire, lasciando la mamma presso un'anziana insegnante.

Durante la fuga Will scopre per puro caso una specie di finestra nell’aria, quasi invisibile all’occhio, che si apre su un mondo totalmente differente dal suo. Penetrato in questo mondo parallelo nella speranza di potersi nascondere, egli si ritrova a Cittagazze, graziosa cittadina completamente deserta, e qui incontra Lyra e Pantalaimon passati dal loro mondo, attraverso il ponte creato da Lord Asriel e finiti qui. Dopo un'iniziale diffidenza (Lyra trova difficile credere che ci sia un essere umano completamente normale senza daimon) Will e Lyra diventano amici e si uniscono per capire dove sono capitati.

Essi scoprono così che gli abitanti di Cittagazze sono fuggiti, perché la città è infestata dagli Spettri, esseri invisibili che si nutrono dell'anima degli adulti, lasciandoli trasformati in vegetali, vuoti e spenti. I bambini sono immuni agli Spettri, perché non hanno ancora sviluppato del tutto la consapevolezza.

I due ragazzi tornano nella Oxford di Will, sperando di trovare qui le risposte ai loro interrogativi. Will indaga sulla spedizione a cui ha partecipato il padre e scopre che includeva una ricerca sulle particelle atmosferiche, mentre Lyra, alla ricerca di uno studioso che le possa spiegare qualcosa in più sulla Polvere, incontra Mary Malone, una scienziata che ha scoperto l’esistenza delle Ombre, la stessa misteriosa entità conosciuta da Lyra come Polvere

La dottoressa Malone scopre che questa entità è conscia di sé, è consapevole di esistere ed è proprio la consapevolezza della Polvere che fa funzionare l’aletiometro ed è sempre la Polvere a circondare il pensiero umano e la materia. L’obiettivo di Mary Malone è quello di trovare un modo per comunicare con queste particelle di Polvere e grazie a Lyra, la scienziata riesce effettivamente a mettersi in contatto con le Ombre, cioè la Polvere, attraverso un computer.

Parlando con le Ombre, scopre che lei stessa avrà una parte importante nello svolgersi della profezia che coinvolge Lyra: dovrà “fare la parte del serpente”, ovvero tentare la ragazzina. Ma, come Lyra è inconsapevole della profezia, così Mary non sa esattamente cosa dovrà fare.

Will, tornato a Cittagazze, viene in possesso di un importante oggetto, un coltello del tutto particolare che può tagliare qualsiasi superficie e può aprire finestre tra i mondi. Per entrarne in possesso, Will deve combattere contro un ragazzo che se ne è impossessato, ma che non ne è il legittimo portatore.

A causa del possesso del coltello, ambito da molti Will e Lyra sono costretti a fuggire, ed incontrano diversi strani personaggi: le streghe, gli angeli, gli spettri ed infine Will ritrova anche suo padre, perdutosi dopo essere passato in mondi paralleli e diventato uno sciamano. Ma la loro gioia è di breve durata perchè l'uomo viene ucciso. Anche la signora Coulter è all'inseguimento dei ragazzi ed è la sola che ha scoperto con l'inganno che Lyra è destinata ad essere la "nuova Eva".

Durante un frenetico combattimento Lyra viene rapita, mentre le forze del bene e del male si stanno organizzando: Lord Asriel, con l’aiuto degli Angeli ribelli, è sempre più deciso a dare battaglia all’Autorità, colpevole di aver gravato l’uomo del peccato, e Dio stesso avrà il suo bel da fare per difendersi.